波崎地区を中心に水産加工業者の組合員は現在２７件あり、主に波崎漁港で水揚げされる「いわし」「さば」「さんま」を冷凍し、干物や缶詰などの水産食品の原材料として国内外に出荷しています。生産される製品で一番多いのが冷凍品で主に加工原料として出荷され、年間１３～１５万トンで県内シェア６５～７０％を占めており１位です。
組合建物には組合員の原料、製品等を保管するための施設として冷蔵庫を整備しており、約４０００トンの原料を保管することができます。

波崎では古くから干物やしらす干し、缶詰の加工品が製造されています。さばやさんまの「みりん干し」、農林水産祭で天皇杯を受賞したことのある「さくら干し」が有名です。全ての工程を手作業で行い１つ１つしっかりと調味に漬け込み乾燥させるため色や味にムラがなく最高の品質で出荷されます。
他には大手回転ずしチェーンで使われる加工された寿司種（いわし、海老、たこ等）の製造も行われています。